平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。　　魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。

从小就被圣音痴之家的鲁里米索先生收养，在私立无伴奏学校学唱卡拉OK的麦克风次郎（高山みなみ 配音），因为是音痴，他一唱歌能把窗户震坏，让同学们崩溃。而自以为唱歌最好而傲慢的若王子殿（小林优子 配音）更是鄙视他，并向他父亲学校的理事长若王子大殿（佐藤正治 配音）告状要把次郎开除出学校去。一心想唱好歌的次郎好朋友舟木吉道（柏仓つとむ 配音）家里经营着蛇之道卡拉OK连锁店，他缠着舟木要去练歌。王子和妹妹若王子姬（江森浩子 配音）没安好心，邀请次郎唱卡拉OK，那里其实是整人屋，当次郎将要遇到危险时，却得到了父母留给他的能使他成为真正卡拉OK麦克风战士的麦克风。王子要抢麦克风，却意外用自己的戒指打开了次郎被上了锁的声带。没想到声带解锁后，次郎的声音竟犹如天籁......

小学生木之本樱（丹下樱 配音）是一个平凡的女孩，有一个温柔的爸爸木之本藤隆（田中秀幸 配音）和一个体贴的好友大道寺知世（岩男润子 配音）。一天，在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书，并无意间解除了书上的封印，一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯（久川绫 配音）出现在了她的面前。小可告诉她，自己是守护这本书的神兽，书中封印着名叫库洛牌的东西。现在，封印解除了，它要小樱成为库洛魔法师，它将协助她收复这些四处捣乱的库洛牌。隔天，小樱的班上转来了一个名叫李小狼（熊井素子 配音）的转学生，这个外表酷酷的男孩原来也是冲着库洛牌而来。随着库洛牌的封印，越来越多的角色出现在了小樱的身边，而他们的真正目的，却还不得而知。

马上就要升为初中二年级的未来，在春假的夜晚发现天空中有神秘的物体掉到了附近的公园。”会不会是魔法师呢？“满心期待的未来，第二天一边欢欣雀跃，一边带着心爱的小熊去了公园。她发现骑着扫把浮在空中，自称里子的女孩，是个魔法师！里子声称是为了找寻物品而来到未来的世界的。而面对突然出现的邪恶魔法师，二人的挂件发出光芒，变身为传说中的光之美少女！

　　市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。