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柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。　　柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。 　　身为帝国王子的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他，却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败，被帝国皇帝抹去了记忆。 　　现在，恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量，更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患，鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。

　　小石川光希（国府田麻理子 配音）是一个外表可爱的高二女生，天性活泼的她自认为有一个幸福和美的家庭。与此同时，智商超高的帅气少年松浦游（置鲶龙太郎 配音）和父母同住，也过着每日上学放学的寻常生活。某日，上帝的一个玩笑把两个孩子的命运交结在了一起。在一次旅行中，光希和游的父母互相看对了眼，开放的两对夫妻居然决定组建一个特殊的六人家庭，就这样，光希和游成为了名义上的兄妹。　　刚开始，光希对这个时常恶作剧的哥哥充满了敌意，但随着了解的加深，她发现外表轻浮的游其实有着十分专一的内心，游也渐渐的被光希的坦诚所吸引，两颗年轻的心不可自持的产生了感情。发生的种种的波折也让他们明白，他们的相爱是如此坚定，哪怕背上“乱伦”的罪名，也要将对彼此的深切爱意进行到底。

天使惠（林原惠美 配音）本是铮铮男儿，可六岁那一年，在阴差阳错之下，他打开了一本魔法书，并被书中的恶魔变成了女孩，不仅如此，恶魔还消除了所有认识天使惠的人的记忆，这样即便天使惠喊破喉咙，也没有人相信他的男儿身。　　就这样，顶着一副所有女人都会心生羡慕的美丽面庞的天使惠渐渐长大，并且升入了高中，学校里出了名的不良少年苏我源造（高木渉 配音）第一面就深深的爱上了天使惠，对她展开了热烈的追求，但天使惠居然以拳脚回应。天使惠的内心里只有一个愿望，那就是找到那本失落的魔法书，找回自己的男儿身。