神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。　　在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。　　出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。

新世历179年，一艘来历不明的巨大物体冲入地球，坠落在南亚得里亚岛。　　人类在被这一从天而降的怪物吓得惊魂未定之时，以比安.佐尔达克博士为首，科学家们对这一天外来客进行了调查。调查结果表明，此战舰是外宇宙文明所开发出来的战舰，而且令科学家们感到惊恐的是，此战舰中的高科技表明外宇宙科技比地球目前的科技要先进许多。这也证实了比安博士之前就提出过的存在准备向地球进攻的外宇宙文明的假想，地球已经危在旦夕了。　　在危机一步步逼近的情况下，一部分科学家对于外宇宙的高科技已经恐惧到了极点，许多人提出了逃离地球、移居其它星球的提议，而地球联邦政府的高官们并未意识到此事件的严重性，一方面极力隐瞒巨型战舰坠落的真相，一方面仍然一如继往地过着腐败不堪的生活。　　在此危急之时，比安博士提出“人类无处可逃”，主张积极地发展军事与科技，全面准备抵抗异星人的入侵。为此以比安博士为首，科学家们加紧对战舰中的EOT技术进行解析与调查；而联邦军中的积极派也开始行动。　　新世历183年1月，比安博士在南亚得里亚岛的EOT研究机构创建DC组织，并进行对异星人用新机体的研制与开发。　　新世历185年6月，联邦军极东支部在DC、玛奥军工厂及迪斯拉.雷希研究所的协力下，开始SRX计划。

在距現在不遠的未來東京---　　隨著這時代科技的進步, 人們已開始使用氫氣電池及人型機器人了　　雖然技術進步了,但犯罪檢舉率卻相反的降低,失業率上升等等的社會不安定也不斷增加　　外觀和現在林立的都市一樣....但, 實際上街道已經被混亂的陰影所#092;罩了　　以這樣的東京為舞台,海空來,原田及黑川三人一起經營了一間通稱DSA的危險代理　　公司(DANGER SERVICE AGENCY),這間公司不管委託的工作是合法或不合法,都會　　接受代理　　喜歡李小龍的美少女『海空來（みくら）』　　怪異科學技術工程師『原田（はらだ）』　　曾經是刑警 患上麵類中毒的老伯『#092;川（くろかわ）』　　他們一起住的大樓屋頂的公司的辦公室兼住宅改建的倫敦巴士是他們的基地、　　採取「不接既賣命不賺錢的委託」主義的DSA,為何接到的委託,都會變成亡命工作呢!　　海空來的飛踢咆哮,原田的槍冒著火,黑川品嚐著烏龍麵　　...然而今天三個人的生命是, 風中燭火!

楠木赖子（高桥美佳子 配音）是个14岁的初中生，在班上没什么朋友，但偶然得到班上极为耀目的美少女柚木加菜子（戸松遥 配音）的青睐，两人成为朋友，不料相约乘电车去看湖时飞来横祸，加莱子落下站台被列车轧成重伤。刑警木场修太郎（关贵昭 配音）调查此案，发现加莱子似乎有着神秘的重要身 份，同时以多摩为中心，整片地区陆续发现许多被分尸的尸体残块，关注整个事件的中禅寺敦子（桑岛法子 配音）、关口巽（木内秀信 配音）、鸟口守彦（浪川大辅 配音）为了写出内幕报道，调查中在森林中发现古怪建筑物，如巨大的匣子，一切谜底的最终还要靠京极堂（平田広明 配音）揭开……

从表面上来看，美夕（长沢美树 配音）是一个普通的少女，但她还有着第二重身份——东方吸血鬼。但是，作为一个吸血鬼，美夕的猎物并不是人类，正相反，她的任务是解救被“魔神”侵蚀的人类，不惜一切手段，甚至是将人类送入地狱。“魔神”，是善于控制人类心智的一种魔物，它们潜伏在人类的内心深处，待到最恰当的时机突然爆发，而这种爆发，对于人来来说，往往都意味着死亡。美夕正是用吸血的方式，将魔神驱逐出人类的身体再加以消灭。同时，作为美夕一直的敌人，冷羽（绪方美惠 配音）一直在其后紧追不舍。　　在战斗的进程中，美夕渐渐发现，魔神并不是真正的敌人，真正的敌人是躲在魔神背后的操纵者，只有消灭了操纵者，才能够使人类获得永恒的救赎。而当操纵者的真面目出现在美夕面前时，美夕受到了极大的震撼。